《辐射:避难所》故事的背景是在核爆发生后的2077年，但在战争发生之前，政府已经预料到这次战争的毁灭性，所以事先建立了122个避难所，每个避难所可容纳200人，用来帮助人们躲避核打击和防止人类灭绝。玩家就是避难所的指挥官，玩家需要操控避难所内的多名游戏角色，通过调配资源和行动指令来保证这些角色的心情指数，玩家同时需要调配游戏角色进行废土（外部世界）探索和战斗以完成资源的采集，来生产更多的资源以生存。但是在游戏过程中，玩家往往可以发现一些细思极恐的细节，这其中有对人性的考验也有对指挥官权利膨胀的考验。
这其中最细思极恐的就是指挥官权利的膨胀，在这个游戏中指挥官不仅可以分配各种资源，还可以建立酒吧、教室等特殊的房间来提升居民的各种属性数据，关键是指挥官可以随意决定提升哪个居民的属性，完全由玩家自主决定，甚至玩家还可以随意决定两个居民啪啪啪来繁衍后代，关键的是还没有婚姻制度，这在现实中本来就是不公平的甚至是荒谬的。并且居民可以生产各种资源，但相同 的，居民也可以消耗资源，当资源存储不足时，玩家可以驱逐低属性的居民以此来保全避难所。玩家在游戏中为了维持避难所的稳定，可以不择手段的做任何事情。这样为了一个目的不择手段的设定想想也是极为恐怖的。
其实，《辐射:避难所》也为我们展示了种种不能在现实世界实行的社会实验。在我们的认知中，避难所应该是救济核战后的人类以防止人类灭绝的，但是事实上，每个避难所的设定都是为了实行某种社会实验。比如，在11号避难所中，当最后一位居民走进避难所中时，避难所的大门就会永久关闭，在11好避难所的设定中，每年必须有一个人独自走进一个密室接收处决，否则，避难所中的全体居民就会被人工智能处决。
当11号避难所的居民已经死亡殆尽时，当他们决定不再接收处决时。他们才知道，当全体居民拒绝选出被处决者时，避难所的大门就会打开，游戏就会结束。而在68号避难所中，进入这个避难所的居民只有一位女性。相反的，进入69号避难所中的居民中又只有一位男性，这个设定让我们细思极恐，这两个避难所最终会发生什么，我们不得而知。事实上，每个避难所都是为了实行不同的社会实验而设定的。不得不说，《辐射:避难所》给了我们一个大大的彩蛋。
